Enzyme	# of cuts	Positions
AatI	1	3384
AccI	5	1863 1985 2228 2992 4725
AccIII	1	1357
AciI	34	20(c) 407 1339 1703 1797(c) 3233 3245 3254 3266 3276 3287 3333 3946 4105 4261 4734(c) 4922(c) 4969 5068(c) 5177(c) 5254(c) 5298 5419(c) 5465 5656(c) 5747(c) 6109 6118(c) 6253 6363(c) 6484(c) 6503(c) 6630(c) 6658(c)
AcsI	12	75 1136 1361 1811 1896 2005 2151 2549 2719 2933 3037 4643
AcyI	1	5273
AflII	3	128 3114 3740
AflIII	3	307 3055 4162
AgeI	1	4805
AluI	21	963 1261 1390 2313 2373 2477 3349 3403 3510 4002 4584 4706 4891 5460 5523 5623 6144 6401 6447 6537 6705
Alw44I	2	5141 6387
AlwI	11	421 450 4106(c) 5174 5178(c) 5495 5958(c) 5959 6055(c) 6057 6143
AlwNI	2	561 6292
AosI	1	5590
ApaLI	2	5141 6387
ApoI	12	75 1136 1361 1811 1896 2005 2151 2549 2719 2933 3037 4643
AseI	8	295 517 1092 1885 2773 3153 4791 5638
AsnI	8	295 517 1092 1885 2773 3153 4791 5638
Asp700	2	4062 5213
AspEI	2	1127 5813
AspHI	3	5145 5230 6391
AsuII	1	3547
AvaII	5	1021 3660 3988 5449 5671
AviII	1	5590
AvrII	2	1949 3385
BanI	1	5860
BbsI	1	3877
BbvI	10	1008 3557(c) 4334(c) 4571(c) 5379(c) 5770 6073(c) 6279(c) 6282(c) 6372
BcgI	1	5275(c)
BfaI	12	779 1950 2314 2584 2997 3002 3386 4116 4547 5620 5955 6208
BfrI	3	128 3114 3740
BglI	1	5695
BlnI	2	1949 3385
BmyI	3	5145 5230 6391
BpmI	4	441 1483 4282(c) 5744
Bpu1102I	1	2478
BpuAI	1	3877
BsaHI	1	5273
BsaI	2	1850 5747
BsaJI	16	455 1592 1593 1662 1840 1949 2049 3292 3327 3385 3991 4202 4210 4234 4286 6541
BsaWI	6	1011 1357 4805 5517 6348 6495
BseAI	1	1357
BsgI	1	1015
BsiEI	3	5295 5444 6367
BsiHKAI	3	5145 5230 6391
BsiYI	13	718 1018 1593 1841 3293 3669 3696 4287 4386 6223 6502 6668 6686
BslI	13	718 1018 1593 1841 3293 3669 3696 4287 4386 6223 6502 6668 6686
BsmAI	8	736(c) 798 847(c) 1585 1850 4533 4971(c) 5747
BsmFI	2	3215(c) 3576(c)
BsmI	4	1354 1761 2442 2850
Bsp1286I	3	5145 5230 6391
BspEI	1	1357
BspHI	3	2837 4973 5981
BspMI	1	4419(c)
BspWI	17	1139 1702 1935 2823 3253 3332 3338 3579 3615 3954 3977 4236 4543 4888 5695 6083 6655
BsrBI	1	4971(c)
BsrDI	7	996 1380 2955 3975(c) 4357 5579 5753(c)
BsrFI	2	4805 5728
BsrGI	1	2180
BsrI	17	424 911 938 1168 1608(c) 3270(c) 3680 4445 4538(c) 5168 5338(c) 5607 5650 5768 6174 6286(c) 6299(c)
Bst1107I	2	1986 2993
BstBI	1	3547
BstEII	1	3459
BstNI	8	1063 1538 1594 3457 4204 6542 6555 6676
BstUI	6	2320 4922 5254 5747 6077 6658
BstXI	2	589 4140
BstYI	6	5166 5183 5951 5963 6049 6060
CelII	1	2478
CfoI	13	601 2320 2880 3611 4922 5254 5591 5684 6077 6186 6360 6460 6527
Cfr10I	2	4805 5728
Csp45I	1	3547
Csp6I	18	702 1239 1777 1992 2181 2798 2871 2895 3119 3673 3731 3811 4274 4465 4541 4666 5331 6709
DdeI	12	86 144 1582 2478 2874 3345 3436 5312 5852 6018 6427 6718
DpnI	19	415 444 2509 3444 4113 4652 5132 5168 5185 5443 5489 5507 5848 5953 5965 6043 6051 6062 6137
DpnII	19	413 442 2507 3442 4111 4650 5130 5166 5183 5441 5487 5505 5846 5951 5963 6041 6049 6060 6135
DraI	9	614 1281 1620 3019 4802 4852 5235 5927 5946
DraII	1	6714
DrdI	1	6599
DsaI	3	1662 3292 4286
DsaV	11	1061 1536 1592 3455 4202 5275 5626 6322 6540 6553 6674
EaeI	3	1626 3943 5420
Eam1105I	2	1127 5813
EarI	3	1047(c) 4022 5014(c)
Eco47III	1	2879
Eco57I	4	4402 4877(c) 5147 6159(c)
EcoNI	2	3694 4384
EcoO109I	1	6714
EcoRI	3	1136 1361 1811
EcoRII	8	1061 1536 1592 3455 4202 6540 6553 6674
Esp3I	2	736(c) 1585
EspI	1	2478
Fnu4HI	19	997 1703 3333 3571 3946 4105 4348 4585 5069 5298 5393 5420 5759 6087 6293 6296 6361 6504 6659
FnuDII	6	2320 4922 5254 5747 6077 6658
FokI	10	820 922 1341(c) 3236(c) 3746(c) 4437 4871 5374 5661 5842
FspI	1	5590
HaeII	3	2881 3612 6461
HaeIII	20	1274 1319 1541 1628 3326 3332 3384 3945 3957 4014 4239 4395 5422 5689 5769 6227 6661 6679 6690 6715
HgaI	5	2309(c) 4219(c) 5281 6011(c) 6589(c)
HgiAI	3	5145 5230 6391
HhaI	13	601 2320 2880 3611 4922 5254 5591 5684 6077 6186 6360 6460 6527
HinP1I	13	599 2318 2878 3609 4920 5252 5589 5682 6075 6184 6358 6458 6525
HincII	3	270 1864 4322
HindII	3	270 1864 4322
HindIII	2	961 3401
HinfI	11	971 1058 1711 1850 2533 3765 3931 4098 4759 5814 6331
HpaII	14	1012 1316 1358 1486 4806 5276 5518 5628 5695 5729 6133 6323 6349 6496
HphI	21	635 912(c) 1397 1403(c) 1405 1541 1597(c) 1609 1651(c) 3061(c) 3471 3891 4145(c) 4182 4455 4491 5086(c) 5121 5327(c) 5743 5970
ItaI	19	997 1703 3333 3571 3946 4105 4348 4585 5069 5298 5393 5420 5759 6087 6293 6296 6361 6504 6659
Ksp632I	3	1047(c) 4022 5014(c)
MaeI	12	779 1950 2314 2584 2997 3002 3386 4116 4547 5620 5955 6208
MaeII	13	82 337 745 891 1448 1623 2560 3466 4722 4774 5211 5584 6000
MaeIII	16	892 918 1418 1523 2561 3177 3459 3750 5152 5340 5493 5551 5882 6165 6281 6344
MboI	19	413 442 2507 3442 4111 4650 5130 5166 5183 5441 5487 5505 5846 5951 5963 6041 6049 6060 6135
MboII	20	109 671 1054 1064 1636(c) 2534(c) 2853 2954 3452 3882 4009(c) 4395 4413 4506 5031 5140 5218 5973 6044(c) 6196(c)
McrI	3	5295 5444 6367
MfeI	5	1075 2570 2748 3726 4089
MluNI	1	1628
MnlI	32	532 616 619(c) 654 680 1048(c) 1207(c) 1845 1850 2701(c) 2970 3316(c) 3322(c) 3346 3352 3359(c) 3362(c) 3374(c) 3599(c) 3629 3837(c) 4025 4037(c) 4202 4250 5440(c) 5646(c) 5793 5874 6274 6524(c) 6598
MroI	1	1357
MscI	1	1628
MseI	56	64 79 113 129 282 295 316 509 517 613 877 965 1028 1092 1280 1619 1761 1885 2029 2085 2388 2429 2665 2676 2703 2734 2739 2773 2832 2906 3018 3115 3125 3153 3196 3496 3505 3558 3741 4120 4411 4501 4517 4755 4791 4801 4810 4851 5234 5599 5638 5873 5926 5940 5945 5997
MslI	6	637 3939 4138 5042 5401 5560
MspA1I	6	20 1261 1705 5177 6118 6363
MspI	14	1012 1316 1358 1486 4806 5276 5518 5628 5695 5729 6133 6323 6349 6496
MunI	5	1075 2570 2748 3726 4089
MvaI	8	1063 1538 1594 3457 4204 6542 6555 6676
MvnI	6	2320 4922 5254 5747 6077 6658
MwoI	17	1139 1702 1935 2823 3253 3332 3338 3579 3615 3954 3977 4236 4543 4888 5695 6083 6655
NciI	3	5277 5628 6324
NcoI	2	1662 3292
NdeII	19	413 442 2507 3442 4111 4650 5130 5166 5183 5441 5487 5505 5846 5951 5963 6041 6049 6060 6135
NlaIII	27	152 311 636 721 1436 1666 1727 1748 2093 2227 2699 2841 3059 3296 3751 3956 3969 4112 4166 4285 4848 4977 5370 5406 5484 5494 5985
NlaIV	9	4208 4457 4926 5516 5727 5768 5862 6634 6673
NsiI	1	4864
NspI	6	152 311 2093 3059 4166 4848
NspV	1	3547
PflMI	2	718 1593
PinAI	1	4805
PleI	3	3759(c) 5822 6325(c)
Ppu10I	1	4860
Psp1406I	3	1448 5211 5584
PvuI	1	5444
PvuII	1	1261
RcaI	3	2837 4973 5981
RsaI	18	703 1240 1778 1993 2182 2799 2872 2896 3120 3674 3732 3812 4275 4466 4542 4667 5332 6710
SalI	1	1862
Sau3AI	19	413 442 2507 3442 4111 4650 5130 5166 5183 5441 5487 5505 5846 5951 5963 6041 6049 6060 6135
Sau96I	9	1021 3660 3956 3988 5449 5671 5688 5767 6714
ScaI	7	1778 1993 2799 2896 4542 4667 5332
ScrFI	11	1063 1538 1594 3457 4204 5277 5628 6324 6542 6555 6676
SfaNI	20	801(c) 1204 1689(c) 1916(c) 2364 2577(c) 2935(c) 3214 3569(c) 3623(c) 3768 4394(c) 4415(c) 4472(c) 4849(c) 4871 5112(c) 5361 5552(c) 6604(c)
SfcI	5	2072 3583 5567 6245 6436
SfuI	1	3547
SnoI	2	5141 6387
SspBI	1	2180
SspI	6	1673 2027 2852 3024 4701 5008
StuI	1	3384
StyI	9	455 1662 1949 2049 3292 3385 3991 4210 4234
TaqI	11	340 683 1032 1848 1863 1924 3541 3547 4708 5159 6603
TfiI	8	971 1058 1711 1850 2533 3931 4098 4759
ThaI	6	2320 4922 5254 5747 6077 6658
Tru9I	56	64 79 113 129 282 295 316 509 517 613 877 965 1028 1092 1280 1619 1761 1885 2029 2085 2388 2429 2665 2676 2703 2734 2739 2773 2832 2906 3018 3115 3125 3153 3196 3496 3505 3558 3741 4120 4411 4501 4517 4755 4791 4801 4810 4851 5234 5599 5638 5873 5926 5940 5945 5997
Tsp509I	67	75 213 274 313 362 514 550 585 609 782 823 1075 1089 1093 1136 1361 1766 1811 1886 1896 1978 2005 2065 2078 2151 2278 2324 2365 2378 2389 2405 2442 2492 2549 2570 2596 2634 2672 2719 2727 2735 2748 2765 2774 2833 2907 2933 3037 3044 3090 3108 3154 3211 3303 3559 3726 3798 3834 4089 4362 4643 4792 4853 4884 5380 5635 5941
Van91I	2	718 1593
XbaI	3	778 2583 3001
XcmI	1	3982
XhoII	6	5166 5183 5951 5963 6049 6060
XmnI	2	4062 5213